La ciudad de Alta Gracia, se encuentra asentada en la región denominada por sus nativos PARAVACHASCA, vocablo quichua que significa «lugar de vegetación enmarañada» o, según otras interpretaciones de la toponimia, «lluvias a destiempo». Se trata de un amplio valle, rodeado por sierras de no mucha altura, que la cobijan en su sector Noroeste – Sudoeste, en forma de herradura.

Los primitivos pobladores, llamados COMECHINGONES, eran hombres pacíficos, de constitución física pequeña, y lo más notable, con barba; sacaban provecho del ecosistema para la subsistencia. Luego de su contacto cultural con los SANAVIRONES, originarios del norte cordobés, aprendieron el cultivo por regadío, domesticaron llamas y vicuñas y practicaron la caza y la pesca. Su nombre Comechingones significa «come piedra» o «come tierra», probablemente en alusión a sus viviendas de palo y paja, excavadas en las barrancas de los cursos de agua o semientradas en grutas que hacían en las rocas.

Al avanzar la corriente colonizadora del Alto Perú, encabezada por Don Jerónimo Luis de Cabrera, es fundada la ciudad de Córdoba de la Nueva Andalucía el 6 de Julio de 1573. Las acciones de conquista llevadas a cabo en la zona, consiguieron reducir a los primitivos, en una tarea que cambiaría el destino de las tierras y sus naturales. Fiel colaborador como intérprete de la lengua entre nativos y españoles, Don Juan Nieto, recibe como premio a su actuación, una Merced de Tierras, que abarcaban la zona de Paravachasca, el 8 de abril de 1588.

Juan Nieto inicia la explotación de la encomienda, habilitando casas, ranchos y corrales de piedra. Hizo una pequeña Estancia, a la que llamó POTRERO DE SAN IGNACIO DE MANRESA, la que según diversos autores, era de gran extensión. Llegaba al oeste hasta la cumbre de las sierras y hacia el este, hasta el camino existente de Córdoba a Anisacate. También se estima que el emplazamiento fue realizado a dos leguas al Sur del actual centro, muy cerca del Río Anisacate. Al morir Juan Nieto, en 1609, su viuda contrajo enlace con Don Alonso Nieto de Herrera, quien no tenia parentesco con Juan Nieto, y queda como único heredero de esta extensa propiedad al fallecer su esposa e hijastra.

En recuerdo de un Santuario de Algarrovillas de Alconetar (Extremadura, España), dedicado al culto de la Virgen de la Alta Gracia, de quien era muy devoto, rebautiza con su nombre a la zona.

Hombre de fuerte convicción religiosa, resolvió ingresar a la Compañía de Jesús, como hermano coadjutor, donando todos sus bienes a la misma en el año 1643. Cuando los Jesuitas llegan a la Estancia, comienza una época de gran progreso. Para proveer de agua a la tierras cultivables construyen un Tajamar (1653), el que era provisto por medio de canales subterráneos y acequias que lo alimentaban desde su obra complementaria, LOS PAREDONES. Esta obra hidráulica se complementaba con el MOLINO y luego proveería el riego de las huertas y las quintas.

Sus obras arquitectónicas perduran hasta hoy y sus principales construcciones son EL OBRAJE, LA IGLESIA y LA RESIDENCIA. No han quedado rastros pero si referencia de LA RANCHERÍA, donde vivían los esclavos negros y los obreros nativos.

La Estancia Jesuítica estaba administrada por dos o tres hermanos estancieros, que vivían en la Residencia y tenían alrededor de 300 esclavos negros para realizar sus tareas.

En 1767 son expulsados los Jesuitas de todas las misiones en América y Europa, y sus bienes pasan a ser administrados por una Junta de Temporalidades. Los esclavos negros son llevados a Córdoba y la Estancia de Alta Gracia queda prácticamente abandonada. La imposibilidad de administrar la Estancia por la Junta de Temporalidades, hace que la misma se remate en 1773. La adquiere de esta forma José Rodríguez, con un plazo de nueve años para pagar su precio, pero no puede cumplir con lo pactado.

En 1785 hipoteca Alta Gracia y sus propiedades en Córdoba y obtiene de la Junta de Temporalidades nuevos plazos. Muere en 1786 y se hace cargo de la administración de la Estancia su hijo, Manuel Antonio Rodríguez, con cargo rentado, permaneciendo en sus funciones por diez años. En 1787 hay un notorio menoscabo de la producción de la Estancia y se acuerda una nueva prórroga para la liquidación de la deuda. Para ejecutar el crédito de Don José Rodríguez a favor de la Junta de Temporalidades, se remata nuevamente la Estancia en 1796.

Resulta mejor postor Juan del Signo, a quien se le adjudica la Estancia actuando como apoderados Victorino Rodríguez y Antonio de Arredondo. Victorino era hijo del deudor ejecutado e integraba a su vez la Junta de Temporalidades que había dispuesto la subasta. Al poco tiempo se produce la división de la extensa propiedad de acuerdo a un arreglo entre los compradores.

Los puestos principales y la mitad de los esclavos, para Arredondo, lo cual significaba jornadas de uno o dos días a caballo por senderos rocosos para visitarlos. El Convento y las tierras que lo rodeaban para Victorino Rodríguez quien lo poseyó hasta 1810, fecha en que lo vende a Don Santiago de Liniers y Bremond, que a su paso por Córdoba decide afincarse y con dinero prestado e hipotecas compra la Estancia.

Producida la Revolución de Mayo, Liniers integra una delegación contrarevolucionaria que desde Córdoba avanza hacia Buenos Aires. Esta es reprimida y sus jefes entre ellos, Liniers, son ejecutados en Cabeza del Tigre, cerca de la actual Cruz Alta. La Estancia pasa a manos de los herederos del Virrey, quienes no pueden atenderla ya que eran menores de edad y sus tutores residían en Buenos Aires. Finalmente la subastan en agosto de 1820 y resulta adjudicada a Don José Manuel Solares.

Esta parte de la ciudad no estuvo incluida en los litigios que se produjeron después de la muerte de Don José Manuel Solares en 1868. El Albacea Testamentario Telesforo Lozada vende a Don Galo Cámara.

Se ratifica la venta a favor de Doña Manuela Lozada de Cámara y ésta en 1879 vende la Estancia a su hermano, Don Rafael Lozada, dando lugar a un juicio reivindicatorio iniciado por los hijos de Don Galo Cámara, que les resultó favorable.

El Gobierno Provincial crea el Municipio, el 14 de enero de 1900 y resulta elegido primer Intendente Municipal Don Domingo Lepri. En 1905 se realiza la división de lo que fuera el corazón de la Estancia Jesuítica, en tres grandes sectores.

En 1906 Guillermo Franchini compra a los Cámara 100 hectáreas para la Compañía de Tierras y Hoteles, vinculada al ferrocarril. Lo que se conoce como El Alto, y lotea la Villa Carlos Pelegrini, que se diseña y se vende casi totalmente en Buenos Aires. Se construye el Sierras Hotel, que se inaugura en 1908 y comienza la actividad turística en Alta Gracia. El 28 de junio de 1940, al alcanzar los 10.000 habitantes, Alta Gracia es elevada al rango de ciudad por Ley 3849.

Muchas personalidades han pasado por esta hermosa ciudad, como el Músico Español Renovador de la Música Hispana «Don Manuel de Falla» o como también el Héroe de la Revolución Cubana «El Che Guevara», a quienes se les creó un museo a cada uno en su memoria.